Институт космофизических исследований и аэрономии им. Ю.Г. Шафера Сибирского отделения РАН – единственное на Северо-Востоке страны научное учреждение, занимающееся фундаментальными исследованиями в области физики. Был создан в 1962 г. распоряжением Совета Министров РСФСР, в 2003 году Институту присвоено имя его основателя Ю.Г. Шафера. В 2019 г. в результате реорганизации Институт стал обособленным подразделением Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук».
Основной деятельностью Института является проведение фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований и прикладных разработок, направленных на получение новых знаний в области астрофизики космических лучей и солнечно-земной физики.
В структуре Института имеются 6 научных лабораторий, 4 обособленных структурных подразделений, центр информационных технологий, конструкторское бюро, опытно-экспериментальное производство, научно-техническая библиотека, аспирантура.
В настоящее время Институт располагает обширной экспериментальной базой, в составе которой имеются Якутская комплексная установка широких атмосферных ливней им. Д.Д. Красильникова, признанная как уникальная установка России, Якутский спектрограф космических лучей им. А.И. Кузьмина, Полярная геокосмофизическая обсерватория, Якутская меридиональная цепочка геофизических станций.
Институт известен результатами мирового уровня в области исследований энергетического спектра и массового состава космических лучей сверхвысоких энергий, происхождения и генерации космических лучей, механизмов передачи энергии из солнечного ветра в магнитосферу и ионосферу Земли, динамического и температурного режима верхней атмосферы. Научная школа Г.Ф. Крымского по исследованию космических лучей официально признана как ведущая научная школа России.
В историю мировой науки навечно вписаны имена выдающихся ученых-космофизиков Якутии: лауреатов Сталинской премии Юрия Георгиевича Шафера и Галины Васильевны Шафер, профессора, почетного академика Академии наук РС (Я) Ариана Ильича Кузьмина, лауреатов Ленинской премии Дмитрия Даниловича Красильникова и Никодима Николаевича Ефимова, действительного члена РАН Гермогена Филипповича Крымского и члена-корреспондента РАН Евгения Григорьевича Бережко. Одним из выдающихся учёных является доктор физико-математических наук, Заслуженный деятель науки Республики Саха (Якутия), известный специалист в области солнечно-земной физики, первый организатор научных исследований переменного магнитного поля Земли в Якутии, Афанасий Афанасьевич Данилов, сто лет со дня рождения которого отмечается в этом году.